La Catacomba di Sant’Agnese che si estende su tre livelli, nel sottosuolo del complesso, è originaria della seconda metà del III secolo d.C., quindi, di poco precedente l’epoca costantiniana.

Le catacombe furono esplorate fin dagli inizi del cinquecento dal frate domenicano Onofrio Panvino. La stessa fu poi oggetto di studi da parte di Bosio e poi da Armellini che dalla metà dell’ottocento proseguì gli scavi riportando alla luce alcune porzioni del cimitero sotterraneo e suddividendo topograficamente, in quattro regio distinte, la stessa catacomba, suddivisione che è rimasta inalterata fino ai giorni nostri.

Nei primi anni del Novecento padre Bacci effettuò nuovi scavi che interessarono la zona sotto il presbiterio. L’intenzione era quella di ottenere dati riscontrabili sulla posizione dell’originaria sepoltura di Sant’Agnese. Le indagini portarono alla luce una struttura absidata probabilmente appartenente alla sistemazione che fece papa Simmaco del sepolcro della martire, ma nulla fu chiarito sulla situazione topografica cimiteriale associata alla tomba della santa.

Si accede alle Catacombe attraverso un ingresso che si trova ubicato all’interno dell’attuale Basilica di Sant’Agnese. Delle quattro regio della catacomba l’unica precostantiniana è la regio I. Databile alla seconda metà del III secolo d.C. questo settore è identificabile sotto l’attuale via di Sant’Agnese alla sinistra della Basilica e nel quale va localizzata la tomba di Sant’Agnese. La regio I presenta un consistente taglio originatosi a causa dell’inserimento della Basilica semipogea. I segni di antichità di questa regione catacombale si riflettono anche nelle semplici formule delle iscrizioni funerarie caratterizzate da una grafia molto curata indicanti il grado di parentela e dall’aggiunta dell’aggettivo dulcis al nome dei defunti, ma anche dalla tipologia architettonica di alcuni sepolcri come le cosiddette -tombe a mensa- costituite da una nicchia di forma di rettangolare che corona un’arca scavata nel tufo o dalla presenza di larghi spazi di tufo tra un loculo e l’altro, caratteristica che fanno ipotizzare un uso non intensivo della catacomba.

Le altre regioni sono più tarde e si sviluppano a partire dal IV secolo d.C. Della regio II, che si presenta in modo lacunoso, non si può dire molto perché la zona fu quella maggiormente interessata dalle spoliazioni delle decorazioni a causa della spietata caccia delle reliquie da parte dei corpisantari. Tale comportamento caratterizzato da interventi clandestini causò notevoli danni ai monumenti interessati.

La regio III è la zona più vasta dell’intero complesso cimiteriale. Questa parte della catacomba iniziò a svilupparsi da dietro l’abside della Basilica onoriana per poi dirigersi verso nord, fino ad inserirsi, in parte, tra l’antica regione precostantiniana e l’arenario. Fu utilizzata a partire dagli inizi del IV secolo d.C. e come testimoniato da alcuni reperti epigrafici fu utilizzata almeno fino alla fine dello stesso secolo. La regio III venne trovata fortunatamente intatta perché, negli anni, fu sepolta da consistenti strati di limo che ne conservarono l’integrità. Numerosi oggetti che provenivano da questa regio furono trasferiti nei Musei Vaticani, mentre, ancora in situ, si trovano alcune testimonianze tra cui: l’epigrafe di un certo Petrus che ha accanto l’immagine dell’apostolo Paolo, un monogramma, in pietra, con una decorazione smaltata, che reca l’iscrizione- in hoc signo Sirici vinces- ispirata al motto costantiniano. Nella catacomba non si è conservato nessun tipo di pittura mentre numerose sono le testimonianze monumentali tra cui: un cubicolo doppio contenente l’epitaffio dell’ Alumna Sabina che desiderò essere sepolta sopra la tomba del padre adottivo (super patronum); e un’iscrizione metrica in cui la figlia defunta suggerisce ai propri genitori di non piangere per la sua morte prematura. Interessante è poi una lucerna in cui è stampigliato un monogramma formato dalla sovrapposizione di due lettere: la P e la E, solitamente interpretato come un’espressione augurale: palma elea o palma feliciter.

La IV è l’ultima regio, ed è quella più vicina al Mausoleo di Santa Costanza. Collocabile tra l’attuale Basilica ed i ruderi della Basilica Costantiniana, nel 1972, fu scavata completamente dal Fasola. L’impegnativo scavo, che interessò anche la zona dell’atrio della soprastante Basilica Costantiniana, riportò alla luce una necropoli pagana con numerosi mausolei e colombari, databili alla metà del II secolo d.C. e che ospitavano sepolture sia ad inumazione che a incenerazione. Gli stessi erano composti da camere funerarie sovrapposte e da due stanze ipogee alle quali si accedeva per mezzo di una piccola scala. La decorazione resa sulle pareti di questi ambienti segue lo schema a linee rosso-verdi e azzurre che riporta ad un periodo compreso tra il II e III secolo d. C. Si ipotizza che alcuni di questi mausolei appartenevano a pretoriani come lascerebbe supporre l’urna cineraria di un certo Aurelius Barba, della V coorte pretoriana, reimpiegata nelle murature della scala che accede nella Basilica di Sant’Agnese.

Appartiene alla regio IV l’epitaffio di un certo Sisinnius ,datato al 314 d.C., è la più antica iscrizione ritrovata nella catacomba; dalla stessa regio proviene anche un frammento di vetro dorato, potrebbe essere un medaglione in cui si è preservata una figura maschile, il nome Felix è indicato a fianco, mentre, al centro della scena vi è il monogramma costantiniano contenuto dentro una corona; numerosi sono anche i piccoli oggetti attaccati sulle tombe cristiane (lucerne, paste vitree, conchiglie ,piattini, portaprofumi, anelli ecc.)

Secondo il Fasola la regio IV si inserì nel complesso cimiteriale dopo che la realizzazione della Basilica Costantiniana aveva causato la distruzione del sepolcreto pagano. Si trattò, senza dubbio, di un ordine imperiale, perché solo un imperatore(Costantino) poteva decidere l’eliminazione di un cimitero ancora attivo, la stessa cosa era accaduta sul Colle Vaticano che la distruzione di una necropoli fece posto alla basilica realizzata in onore di Pietro.

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