Intorno alla metà del VII secolo d.C. la Basilica Costantiniana era ormai fatiscente e la cappella con le spoglie del corpo della piccola Santa (che si trovavano in una galleria al primo piano della catacomba) era troppo piccola per poter soddisfare da sola le necessità di culto, inoltre, la volontà di non spostare il corpo per impedire la dispersione delle reliquie, indussero papa Onorio I (625-638) a realizzare, al posto dei due edifici, una nuova basilica semi-ipogea, ad corpus, con il pavimento a livello della tomba di Agnese; la nuova Basilica di Sant’Agnese presentava così fuori terra solo il livello superiore. L’accesso, oggi murato e visibile nella parte superiore dell’attuale facciata, conduceva, attraverso una galleria, direttamente sul matroneo in corrispondenza delle navate laterali e del nartece, da qui si scendeva in basilica e al livello della tomba della martire Agnese tramite una scala, come avviene ancora oggi, anche se l’attuale scala marmorea, piena di frammenti marmorei e iscrizioni provenienti dalla catacomba, fu realizzata nel 1590. Anche la facciata principale della chiesa, con le sue tre porte d’ingresso, dopo adeguati lavori di sbancamento, fu realizzata per volontà del cardinale Alessandro Ottaviano de’ Medici nel 1600.

L’interno della Basilica, preceduto da un nartece, è suddiviso in tre navate spartite da 16 colonne antiche, tutte di spoglio e in marmo pregiato (portasanta, paonazzetto, bigio brecciato e granito nero) con magnifici capitelli corinzi; al piano sovrastante corre il matroneo con colonne e capitelli finemente scolpiti. La navata è coperta da un bellissimo soffitto a cassettoni, di legno intagliato e dorato realizzato intorno al 1600; lo stesso è stato sottoposto a restauri nel 1855.

Il rivestimento marmoreo dell’abside, realizzato in marmo cipollino, è suddiviso da paraste verticali di porfido rosso. Nel catino absidale vi è realizzata l’opera più preziosa e più antica dell’intera basilica: un mosaico del tempo di Onorio I, uno dei più alti esempi di arte bizantina a Roma. Su un luminosissimo fondo oro, sono rese stilizzate le figure brune dei papi Onorio, con nella mani il modellino della nuova basilica, e Simmaco, l’ultimo papa che si occupò del restauro dell’edificio costantiniano. La figura di Sant’Agnese è al centro, vi è rappresentata come un’imperatrice bizantina con i simboli del martirio ai piedi: il fuoco e la spada e sulla veste reca la Fenice, simbolo d’immortalità.

Il seicentesco altare maggiore realizzato con intarsi di pietre e marmi preziosi e sormontato da un ciborio della stessa epoca retto da quattro colonne antiche di porfido anch’esse di spoglio, copre i resti di Agnese ed Emerenziana (sorella di latte di Agnese) le Sante custodite in un reliquiario di argento, donato nel 1615 da Paolo V, sono state collocate, direttamente sotto l’altare, all’interno di una cella inaccessibile. Oggi è possibile vedere il reliquiario, da vicino, attraverso una piccola grata, scendendo in un corridoio sotterraneo curvilineo realizzato nel 1950.

L’antico pavimento musivo di tipo cosmatesco della navata centrale ammirato per il suo splendore fu sostituito nel 1728 da uno in mattoni; nel 1856 nell’ambito di una più vasta ristrutturazione dell’intero edificio, fu nuovamente rimpiazzato per volere di Pio IX con marmi avanzati dalla nuova pavimentazione della Basilica di San Paolo fuori le Mura e furono inoltre aggiunte 6 cappelle laterali poiché l’edificio originale ne era sprovvisto.

La basilica che noi ammiriamo oggi è il frutto di una serie di modifiche e restauri che sono avvenuti nei secoli e di cui ancora oggi la stessa ne conserva gran parte dei caratteri.

Il campanile addossato all’abside è stato realizzato usando due tecniche costruttive diverse, mentre la presenza di una massiccia torre medievale, quadrata e merlata, fa ipotizzare che il complesso di Sant’Agnese venne fortificato durante il periodo medievale per poter meglio resistere ad eventuali attacchi nemici. Sulla torre è presente anche un orologio solare con il quadrante in ferro di forma circolare, sullo stesso è riportata la linea dell’equinozio con dieci linee orarie e senza cifre.

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